Résumé : Cette saison est la suite directe de la première saison de Phi Brain : Kami no Puzzle.

Plusieurs jours se sont écoulés depuis la confrontation entre Kaito et Luke. A présent la vie de Kaito est beaucoup plus calme, avec ses camarades Anna, Cubic, Gammon, Nonoha et le Président, ils ont décidé de continuer à résoudre les puzzles des fous pour aider la P. O. G à prendre un nouveau départ.

Cependant, un jour alors qu'ils élucidaient un puzzle des fous, Kaito remarque qu'un jeune homme les observent, lui et sa bande. Le lendemain, un événement surgit dans la "Root Academy", en effet quelqu'un défie Kaito et installe dans le lycée un puzzle très élaboré pour ce dernier. Kaito qui ne peut se détourner devant un puzzle se rend compte que la personne qui l'a défiée est la même personne qui les observait durant le puzzle des fous. Il est d'autant plus surpris quand son adversaire lui montre son brassard d'Orpheus et qu'il lui déclare faire partie de l'Ordre d'Orpheus.
Pour couronner le tout, il accuse Kaito de ne pas avoir tenu sa promesse et qu'à partir de maintenant l'Ordre d'Orpheus lui en fera subir le châtiment...