Resumen : La grande guerre a eu lieu. Elle a eu pour conséquence l'éradication de près de 99% de l'humanité.

15 ans après ces évènements, l'humanité semble se reconstruire peu à peu. On suit la route de Garrod Ran, un jeune orphelin qui loue ses talents comme mercenaire. Sa dernière mission consiste à retrouver et enlever une jeune fille de son âge appelée Tifa. Après l'avoir emmené avec lui, il se retrouve poursuivi par deux autres mercenaires qui pilotent des gundams, le Air Master et le Leopard. Tifa, qui semble douée d'une intuition surhumaine, aide Garrod à leur échapper, et à trouver un entrepôt dans lequel repose un gundam, le Gundam X, qui comme le Leopard et le Air master, est un vestige de la guerre.

Garrod ran prend les commandes et découvre les pouvoirs de Tifa. Il prend conscience que la légende des Newtypes est vrai. Quel destin va t'il décider de suivre ?